5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-N6-苯甲酰基-2'-脱氧腺苷-3'-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺
[CAS 98796-53-3]

基本信息

• 产品分类: 生物化工 >> 核苷类药物 >> 核苷中间体
• 产品名称: 5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯基)-N6-苯甲酰基-2'-脱氧腺苷-3'-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺
• 英文名: 5'-O-(4,4'-Dimethoxytrityl)-N6-benzoyl-2'-deoxyadenosine-3'-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropyl)phosphoramidite
• 别名: N-Benzoyl-5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-2'-deoxy-adenosine 3'-[2-cyanoethyl bis(1-methylethyl)phosphoramidite]
• 分子式: C₄₇H₅₂N₇O₇P
• 分子量: 857.93
• CAS 登录号: 98796-53-3
• EC 号码: 685-521-7
• 分子行输入简码SMILES: CC(C)N(C(C)C)P(OCCC#N)O[C@H]1C[C@@H](O[C@@H]1COC(C2=CC=CC=C2)(C3=CC=C(C=C3)OC)C4=CC=C(C=C4)OC)N5C=NC6=C(N=CN=C65)NC(=O)C7=CC=CC=C7

安全数据

• 危险品标志: GHS07 警告
• 危害标签: H319
• 防护标签: P264+P265-P280-P305+P351+P338-P337+P317

危害分类

危害	分类	类别码	危害标签
眼刺激	Eye Irrit.	2	H319
急性毒性	Acute Tox.	4	H302

发现和应用

5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N6-苯甲酰基-2'-脱氧腺苷-3'-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺是一种受保护的腺苷亚磷酰胺，用作DNA寡核苷酸化学合成中的核苷构建单元。它属于为自动化固相DNA合成而开发的核苷亚磷酰胺类化合物。该化合物包含一个受保护的2'-脱氧腺苷单元和一个亚磷酰胺基团，后者能够实现腺嘌呤残基向合成DNA序列中的可控掺入。

基于亚磷酰胺的寡核苷酸合成技术的开发是核酸化学领域的一项重大进展。传统的DNA片段组装方法受限于反应效率，且操作步骤复杂。亚磷酰胺法引入了一种自动化方法，即将受保护的核苷逐步添加到不断增长的寡核苷酸链上。该技术使得为分子生物学和生物技术应用制备合成DNA分子成为常规操作。

该化合物衍生自2'-脱氧腺苷，这是DNA中存在的四种天然核苷之一。在天然DNA中，腺嘌呤通过氢键相互作用与胸腺嘧啶形成互补碱基对。在化学合成过程中，必须对腺嘌呤和糖基团上的活性位点进行选择性保护，以确保核苷酸偶联的高效性和准确性。

腺嘌呤碱基在N6位含有一个环外氨基。在该化合物中，N6-氨基受到苯甲酰基的保护。苯甲酰基保护基团降低了寡核苷酸合成过程中氨基的反应活性，并防止了不必要的副反应。在完成所需DNA序列的组装后，该保护基团可在最终的脱保护步骤中被去除，从而恢复天然腺嘌呤的结构。

脱氧核糖的5'-羟基受到4,4'-二甲氧基三苯甲基的保护。这种保护基团在核苷化学中被广泛应用，因为它可以在温和的酸性条件下被选择性去除。在自动化DNA合成过程中，去除二甲氧基三苯甲基会暴露5'-羟基，从而允许序列中下一个核苷酸的添加。

糖环的3'-位被转化为亚磷酰胺官能团。这一含磷基团负责驱动形成DNA骨架的偶联反应。在适宜试剂的活化下，亚磷酰胺（phosphoramidite）与正在延伸的寡核苷酸链上的游离羟基发生反应，形成新的含磷连接键。

该亚磷酰胺部分包含一个2-氰乙基保护基和一个N,N-二异丙基氨基。2-氰乙基在重复的合成循环中保护磷中心，并在寡核苷酸的最终处理阶段被去除；二异丙基氨基则在偶联反应中作为离去基团，促成核苷酸间键的形成。

该化合物主要用于制备含有腺嘌呤残基的合成DNA分子。它被应用于自动寡核苷酸合成仪中，以构建分子生物学研究、基因分析、测序及生物技术应用所需的DNA序列。

由受保护的腺苷亚磷酰胺合成的寡核苷酸可用作引物、探针及研究试剂。它们是需要精确定义DNA序列的技术（包括扩增方法、杂交研究以及核酸结构与功能分析）中不可或缺的工具。

该亚磷酰胺试剂的化学设计体现了保护基策略在核酸合成中的重要性：二甲氧基三苯甲基（dimethoxytrityl）控制5'-位的反应活性，苯甲酰基保护腺嘌呤的氨基官能团，而亚磷酰胺基团则提供链延伸所需的反应位点。

该化合物的理化性质由其芳香族保护基、核苷结构及含磷官能团的组合决定。分子中包含的多个氧和氮原子赋予了其极性，而芳香族的二甲氧基三苯甲基和苯甲酰基则提供了疏水特性。由于亚磷酰胺对湿气敏感，这些化合物通常在干燥条件下进行操作。

总体而言，5'-O-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N6-苯甲酰基-2'-脱氧腺苷-3'-(2-氰乙基-N,N-二异丙基)亚磷酰胺是DNA合成中一种至关重要的受保护核苷试剂。其选择性保护基和具有反应活性的亚磷酰胺官能团，使得能够高效且可控地构建用于分子生物学及生物技术研究的合成寡核苷酸。